真空包装机中重要的其中一个环节就是除氧。真空包装的主要作用是除氧，以有利于避免食品蜕变，其原理也比较简单，因食品霉腐蜕变主要由微生物的活动形成，而大多数微生物（如霉菌和酵母菌）的生存是需求氧气的，而真空包装机就是运用这个原理，把包装袋内和食品细胞内的氧气抽掉，使微生物失去“生存的环境”。实考证明：当包装袋内的氧气浓度≤1％时，微生物的生长和繁衍速度就急剧降落，氧气浓度≤0％，大多数微生物将遭到抑止而中止繁衍。（注：应用真空包装机停止真空包装不能抑止厌氧菌的繁衍和酶反响惹起的食品蜕变和变色，因而还需与其他辅助办法分离，如冷藏、速冻、脱水、高温杀菌、辐照灭菌、微波杀菌、盐腌制等。）
  真空包装机的真空除氧除了能抑止微生物的生长和繁衍外，另一个重要功用是避免食品氧化，因油脂类食品中含有大量不饱和脂肪酸，受氧的作用而氧化，使食品变味、蜕变。此外，氧化还使维生素A和维生素C损失，食品色素中的不稳定物质受氧的作用，使颜色变暗。所以，除氧能有效地避免食品蜕变，坚持其色、香、味及营养价值。小型真空包装机只需能到达一定的真空度，也是同样的效果。